Bowser's Inside Story nhận được nhiều lời khen ngợi phần cốt truyện, lối chơi, sự hài hước từ giới phê bình và là trò chơi được đánh giá cao nhất trong các game nhập vai của Mario. Nhà phê bình ở Bắc Mỹ trên tạp chí Nintendo Power, đã cho trò chơi 9,5/10 điểm. IGN cũng cho 9,5 và trao nó giải Lựa chọn của biên tập viên. GameInformer cho 8,75/10 điểm và trao nó giải "Trò chơi cầm tay của tháng". GameD Daily đã cho 10/10. Tạp chí chính của Nintendo cho trò chơi 92%. GameSpot đã chấm 9,0 và trao giải Sự lựa chọn của ban biên tập, tập trung ca ngợi phần cốt truyện. Blair Herter của X-Play đã cho tựa game 5/5 và cũng đánh giá cao cốt truyện. Brad Shoemaker của Giant Bomb cho trò chơi 5/5 và sau đó gọi nó là "Trò chơi DS hay nhất năm 2009."

Bowser's Inside Story là trò chơi bán chạy nhất trong tuần đầu tiên phát hành tại Nhật Bản với 193.000 bản. Có 650.000 bản trong nửa đầu năm 2009 và cuối năm là trò chơi bán chạy thứ 11 với 717.940 bản trong nước. Theo NPD Group, Bowser's Inside Story là trò chơi bán chạy thứ tư trong tháng 10 năm 2009 với 258.100 bản tại Hoa Kỳ. Tựa game tiếp tục bán tốt trong những tháng tiếp theo, 656.700 bản tại đây đã được bán vào cuối tháng 12 năm 2009.